Em seu interior a Igreja apresenta uma só nave possuindo um arco cruzeiro ladeado por dois altares que separa a região do presbitério (Altar-mor) do resto do corpo. No arco cruzeiro encontra-se o brasão Beneditino. Nela destacam-se os vários altares em talha dourada, como o de Santa Luzia, São Bento das Pêras, Nossa Senhora das Dores, com diversas imagens de valor artístico e histórico.
No de Santa Luzia, além da imagem dessa santa, encontram-se as imagens de Santa Catarina, de São Miguel Arcanjo e uma pequena imagem de Santo António de Lisboa. Ímpar no seu detalhe, há um alto relevo onde se encontra a Santíssima Trindade e Santo António que figura como intercessor das almas que estão envolvidas pelas chamas do Inferno.
Frente a este altar está o de Nossa Senhora das Dores, tendo ao centro a imagem da Senhora ajoelhada junto à cruz onde se encontra o Cristo crucificado. Ladeiam este conjunto as imagens de Santo Ovídeo e São Gonçalo. No cimo do altar vê-se a imagem de Nossa Senhora de Agosto, sob o altar, a tão venerada imagem do Senhor Morto que anualmente sai em procissão em seu esquife na Sexta-feira Santa.
O altar de São Bento das Pêras (cuja excelente talha dourada traduz a enorme veneração a este santo) é marcado pela imagem do mesmo.
Por baixo da torre norte está situado o baptistério. Além da antiquíssima Pia Batismal. Em frente encontra-se a imagem de nossa senhora das Dores, imagem esta que sai à rua na Procissão de Sexta-feira Santa.
No altar da Santíssima Trindade está ainda a imagem de Nossa Senhora da Conceição e no de Nossa Senhora do Rosário, a do Menino Jesus de Praga. Sob o docel destes altares encontram-se duas curiosas e arcaicas pinturas que passam muito despercebidas.
O altar-mor é de alguma grandiosidade e destaca-se pelo seu trono que é tapado por uma tela representativa da Adoração Eucarística durante a quaresma e por inúmeras figuras de Anjos e Santos. São exemplos os quatro Evangelistas (na base do altar) e Santa Catarina e Santo Ovideo (a ladear o Sacrário) entre outras. Sendo o coração da Igreja a sua sumptuosidade aliada à antiguidade devem ser admiradas cuidadosamente.
O Sacrário, que é único na Península Ibérica, possui quatro portas com painéis representativos da Paixão sendo que só uma dá acesso ao Santíssimo Sacramento e está assente sobre uma base giratória.
Inside the Church presents a single nave with a transept flanked by two altars which separates the region of the presbytery (High Altar) of the rest of the body. In the transept is the Benedictine coat of arms. It highlights the various gilded altars, like the Santa Luzia, São Bento of pears, Our Lady of Sorrows, with several images of artistic and historical value.
In the District of Santa Luzia, in addition to the image of that Saint, are the images of St. Catherine, St. Michael the Archangel and a small image of Santo António de Lisboa. Unique in its detail, there is a high relief of the Holy Trinity and San Antonio that figure as intercessor of souls who are involved by the flames of hell.
This is the altar of our Lady of Sorrows, having in the Center the image of the Lady kneeling near the cross with the crucified Christ. Flank this Holy Post images and São Gonçalo. At the top of the altar, the statue of our Lady of August, under the altar, the much venerated image of the Lord Killed annually out in procession in his skiff on Friday.
The altar of St. Benedict of Pears (whose excellent gilt translates the enormous veneration this santo) is marked by the image.
Beneath the North Tower is situated the Baptistery. In addition to the ancient font. In front is a statue of our Lady of Sorrows, this image that comes out in the good Friday Procession.
At the altar of the Holy Trinity is still the image of our Lady of the conception and our Lady of the Rosary, the infant Jesus of Prague. Under the docel these altars are two curious and archaic paintings that spend unnoticed.
The main altar is of some grandeur and stands out for its throne which is covered by a representative screen of Eucharistic adoration during Lent and by numerous figures of angels and saints. Examples include the four Evangelists (at the base of the altar) and Santa Catarina e Santo Video (the skirt around the Tabernacle) among others. Being the heart of the Church their sumptuousness ally to antiquity should be admired carefully.
The Tabernacle, which is unique in the Iberian Peninsula, has four doors with panels representing the Passion being that only gives access to the Blessed Sacrament and is based on a swivel base.